ไฟล์ PDB (คืออะไรและจะเปิดอย่างไร)

ไฟล์ที่มีนามสกุลไฟล์ PDB มักเป็นไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรมที่ใช้เก็บข้อมูลการดีบักเกี่ยวกับโปรแกรมหรือโมดูลเช่นไฟล์ DLL หรือ EXE บางครั้งเรียกว่าไฟล์สัญลักษณ์

ไฟล์จะแมปส่วนประกอบและคำสั่งต่างๆในซอร์สโค้ดกับผลิตภัณฑ์ที่คอมไพล์ขั้นสุดท้ายซึ่งดีบักเกอร์สามารถใช้เพื่อค้นหาไฟล์ต้นฉบับและตำแหน่งในไฟล์ปฏิบัติการที่ควรหยุดกระบวนการดีบัก

ไฟล์ PDB บางไฟล์อาจอยู่ในรูปแบบไฟล์ Protein Data Bank แทน ไฟล์เหล่านี้เป็นไฟล์ข้อความธรรมดาที่เก็บพิกัดเกี่ยวกับโครงสร้างโปรตีน

ไฟล์ PDB อื่น ๆ อาจสร้างในรูปแบบไฟล์ Palm Database หรือ PalmDOC และใช้กับระบบปฏิบัติการมือถือ PalmOS ไฟล์บางไฟล์ในรูปแบบนี้ใช้นามสกุลไฟล์. PRC แทน อีกรูปแบบหนึ่งที่เป็นไปได้คือ Tanida Demo Builder

วิธีการเปิดไฟล์ PDB

โปรแกรมต่างๆใช้ไฟล์ PDB ของตัวเองเพื่อจัดเก็บข้อมูลในรูปแบบฐานข้อมูลที่มีโครงสร้างบางประเภทดังนั้นแต่ละแอปพลิเคชันจะใช้เพื่อเปิดประเภทของตัวเอง

Geneious, Quicken, Visual Studio และ Pegasus เป็นเพียงตัวอย่างบางส่วนของโปรแกรมที่อาจใช้ไฟล์ PDB เป็นไฟล์ฐานข้อมูล Radare และ PDBparse อาจใช้งานได้เช่นกัน

ไฟล์ PDB บางไฟล์จะถูกจัดเก็บเป็นข้อความธรรมดาเช่นไฟล์ Geneious 'Program Debug Database และมนุษย์สามารถอ่านได้อย่างสมบูรณ์หากเปิดในโปรแกรมแก้ไขข้อความ คุณสามารถเปิดไฟล์ PDB ประเภทนี้ด้วยโปรแกรมใดก็ได้ที่สามารถอ่านเอกสารข้อความเช่นโปรแกรม Notepad ในตัวใน Windows โปรแกรมดูและแก้ไขไฟล์ PDB อื่น ๆ ได้แก่ Notepad ++ และ Brackets

ไฟล์ PDB อื่น ๆ ไม่ใช่เอกสารข้อความและมีประโยชน์เมื่อเปิดด้วยโปรแกรมที่มีไว้สำหรับเท่านั้น ตัวอย่างเช่นหากคุณมีความเกี่ยวข้องกับ Quicken ในทางใดทางหนึ่งให้ลองใช้ซอฟต์แวร์นั้นเพื่อดูหรือแก้ไข Visual Studio คาดว่าจะเห็นไฟล์ PDB ในโฟลเดอร์เดียวกับไฟล์ DLL หรือ EXE

คุณสามารถดูและแก้ไขไฟล์ PDB ที่เป็นไฟล์ Protein Data Bank ใน Windows, Linux และ macOS ด้วย Avogadro โปรแกรมเหล่านี้สามารถเปิดไฟล์ได้เช่นกัน: Jmol, RasMol, QuickPDB และ USCF Chimera เนื่องจากข้อความเหล่านี้เป็นข้อความธรรมดาคุณจึงสามารถเปิดได้ในโปรแกรมแก้ไขข้อความด้วย

Palm Desktop ควรเปิดไฟล์นี้ได้หากอยู่ในรูปแบบไฟล์ Palm Database แต่ก่อนอื่นคุณอาจต้องเปลี่ยนชื่อไฟล์ให้มีนามสกุลไฟล์. PRC เพื่อให้โปรแกรมนั้นรู้จัก Calibre เป็นอีกทางเลือกหนึ่ง

ในการเปิดไฟล์ PalmDOC PDB ให้ลองใช้ STDU Viewer

ไฟล์ Tanida Demo Builder เปิดด้วยโปรแกรมที่ใช้ชื่อเดียวกัน

วิธีการแปลงไฟล์ PDB

ไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรมมักไม่สามารถแปลงเป็นรูปแบบไฟล์อื่นได้อย่างน้อยก็ไม่ใช่ด้วยเครื่องมือแปลงไฟล์ทั่วไป หากมีเครื่องมือใดที่สามารถแปลงไฟล์ประเภทนี้ได้ก็จะเป็นโปรแกรมเดียวกับที่สามารถเปิดได้

ตัวอย่างเช่นหากคุณต้องการแปลงไฟล์ฐานข้อมูลจาก Quicken ให้ลองใช้โปรแกรมนั้นทำ อย่างไรก็ตามการแปลงประเภทนี้อาจไม่เพียง แต่ใช้งานได้น้อย แต่ยังไม่รองรับในแอปพลิเคชันฐานข้อมูลเหล่านี้ (กล่าวคือคุณอาจไม่จำเป็นต้องแปลงไฟล์ PDB ประเภทนี้เป็นรูปแบบอื่น)

ไฟล์ Protein Data Bank สามารถแปลงเป็นรูปแบบอื่นได้ด้วย MeshLab ในการดำเนินการนี้คุณอาจต้องแปลงเป็น WRL ก่อนด้วย PyMOL จากไฟล์ เนื้อไม่มีมัน > บันทึกภาพเป็น > VRML จากนั้นนำเข้าไฟล์ WRL ไปยัง MeshLab และใช้ไฟล์ เนื้อไม่มีมัน > ส่งออกตาข่ายเป็น เมนูเพื่อแปลงไฟล์ PDB เป็น STL หรือรูปแบบไฟล์อื่นในที่สุด

หากคุณไม่ต้องการให้โมเดลเป็นสีคุณสามารถส่งออกไฟล์ไปยัง STL โดยตรงด้วย USCF Chimera (ลิงก์ดาวน์โหลดอยู่ด้านบน) มิฉะนั้นคุณสามารถใช้วิธีการเดียวกับด้านบน (ด้วย MeshLab) เพื่อแปลง PDB เป็น WRL ด้วย USCF Chimera จากนั้นส่งออก WRL เป็น STL ด้วย MeshLab

ในการแปลง PDB เป็น PDF หรือ EPUB หากคุณมีไฟล์ PalmDOC เป็นไปได้หลายวิธี แต่วิธีที่ง่ายที่สุดคือการใช้ตัวแปลงออนไลน์เช่น Zamzar คุณสามารถอัปโหลดไฟล์ของคุณไปยังเว็บไซต์นั้นเพื่อให้มีตัวเลือกในการแปลงเป็นรูปแบบเหล่านั้นเช่นเดียวกับ AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT และรูปแบบไฟล์ eBook อื่น ๆ

ในการแปลงไฟล์ PDB เป็นรูปแบบ FASTA สามารถทำได้ด้วยตัวแปลง PDB เป็น FASTA ออนไลน์ของ Meiler Lab

นอกจากนี้ยังสามารถแปลงไฟล์นี้เป็น CIF (รูปแบบข้อมูล Crystallographic) ทางออนไลน์โดยใช้ PDBx / mmCIF

ยังไม่สามารถเปิดไฟล์ได้?

ไฟล์ที่ไม่ได้เปิดด้วยเครื่องมือใด ๆ จากด้านบนอาจไม่ใช่ไฟล์ PDB จริงๆ สิ่งที่อาจเกิดขึ้นคือคุณกำลังอ่านนามสกุลไฟล์ผิด บางรูปแบบใช้คำต่อท้ายที่คล้ายกับ PDB อย่างใกล้ชิดเมื่อไม่เกี่ยวข้องกันจริงๆและใช้งานไม่ได้เหมือนกัน

ตัวอย่างเช่นไฟล์ PDF เป็นไฟล์เอกสาร แต่โปรแกรมส่วนใหญ่จากด้านบนจะแสดงข้อความและ / หรือรูปภาพไม่ถูกต้องหากคุณพยายามเปิดไฟล์ด้วยโปรแกรมซอฟต์แวร์เหล่านี้ เช่นเดียวกับไฟล์อื่น ๆ ที่มีนามสกุลไฟล์ที่สะกดในทำนองเดียวกันเช่นไฟล์ DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO และ WPD

PBD เป็นอีกโปรแกรมหนึ่งที่เป็นของโปรแกรม EaseUS Todo Backup ดังนั้นจึงมีประโยชน์เมื่อเปิดด้วยซอฟต์แวร์นั้นเท่านั้น

หากคุณไม่มีไฟล์ PDB ให้ค้นคว้าเกี่ยวกับนามสกุลไฟล์ที่ไฟล์ของคุณมีเพื่อที่คุณจะพบโปรแกรมที่เหมาะสมที่จะเปิดหรือแปลงไฟล์นั้น

การอ่านขั้นสูงบนไฟล์ PDB

คุณสามารถอ่านเพิ่มเติมเกี่ยวกับไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรมจาก GitHub และ Wintellect

มีข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับไฟล์ Protein Data Bank ด้วย ดู Worldwide Protein Data Bank และ RCSB PDB